1.  Αποθηκευτικοί χώροι 

Κατά τη ρωμαϊκή περίοδο, το κατώτερο βόρειο άνδηρο του ιερού διαμορφώθηκε σε χώρο πρακτικής χρήσης, μάλλον αποθηκευτικής. Μια σειρά τεσσάρων δωματίων, περίπου ορθογωνίου εμβαδού, έχουν την πλάτη τους στην Παναθηναϊκή οδό και «βλέπουν» σε ανοιχτή αυλή στα ανατολικά. Η κατασκευή τους χρονολογείται στον 1ο αι. μ.Χ. Ένα πηγάδι των ρωμαϊκών χρόνων, που καθαρίστηκε και επαναχρησιμοποιήθηκε τη Βυζαντινή περίοδο, βρέθηκε ανατολικά του συγκροτήματος. Ακριβώς στα βορειοδυτικά των αποθηκών, τον 2ο αι. μ.Χ., ιδρύθηκε μικρός τετράγωνος περίβολος, πιθανώς αφιερωμένος στην Εκάτη (Miles 1998, 87-88).

2. Το εσωτερικό Πρόπυλο 

Η ανακάλυψη των κεφαλών δύο κορών που φορούν πόλο (Miles 1998, Κατ. ΙΙΙ, 15-16) στον χώρο του Ελευσινίου οδήγησε τους μελετητές στην υπόθεση ότι κατά τη Ρωμαϊκή περίοδο ο αρχιτεκτονικός διάκοσμος του ιερού εμπλουτίστηκε με ένα εσωτερικό Πρόπυλο, που οδηγούσε πιθανώς από το «έξω» στο «έσω» ιερό, όπου δεν επιτρεπόταν η είσοδος σε όσους δεν είχαν σχέση με τα Μυστήρια. Με τις Καρυάτιδες πιθανώς να κοιτούν ανατολικά, προς τον Ναό της Δήμητρος και της Κόρης, το Πρόπυλο (το οποίο συμπληρώνεται, βάσει άλλων αρχαιολογικών ευρημάτων, ως Δωρικού ρυθμού, διακοσμημένο με σύμβολα σχετικά με την Ελευσινιακή λατρεία) θεωρείται ότι αντέγραφε την παρόμοια διαρρύθμιση και το εσωτερικό Πρόπυλο του ιερού στην Ελευσίνα. Η χρονολόγηση του εσωτερικού Προπύλου δεν είναι ασφαλής, θα μπορούσε όμως να τοποθετηθεί την περίοδο του Αδριανού (Miles 1998, 89-91).

3. Το ιερό κατά τους Ύστερους Ρωμαϊκούς Χρόνους

Μετά την εισβολή των Ερούλων (267 μ.Χ.), το Ελευσίνιο άλλαξε μορφή. Το υστερορωμαϊκό τείχος της πόλης, που τώρα περνούσε παράλληλα με την Παναθηναϊκή οδό στα ανατολικά της, «πάτησε» επάνω στα θεμέλια του Προπύλου, χρησιμοποιώντας μάλιστα και οικοδομικό υλικό από αυτό. Είναι πιθανό ότι το Πρόπυλο και άλλα μέρη του ιερού καταστράφηκαν από τους Έρουλους. Μετά την κατάργηση του Προπύλου, η είσοδος στο ιερό πρέπει να γινόταν από τα νοτιοανατολικά. Η Στοά του ιερού καταστράφηκε αργότερα, κατά την εισβολή των Βησιγότθων, οπότε και πρέπει να καταστράφηκε και μεγάλο μέρος του υπόλοιπου ιερού (396 μ.Χ.). Είναι πιθανόν ότι η τελευταία αυτή καταστροφή σήμανε και το τέλος των Ελευσινίων Μυστηρίων, καθώς γνωρίζουμε, από επιγραφές, ότι αυτά τελούνταν μέχρι το τελευταίο τέταρτο του 4ου αι. μ.Χ.